鉴于《劳动合同法》对用人单位规章制度的制定程序提出了更为严格的要求，同时更因为其中对于劳动合同管理制度、培训制度、竞业禁止制度以及解除劳动合同的条件等与规章制度有关的内容方面做了较大的变更，用人单位如何修改现有的规章制度，通过怎样的程序才能制定出合法有效的规章制度将成为诸多用人单位共同关注的问题。
首先，《劳动合同法》第四条明确规定，用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、劳动纪律等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。分析该条文，可以看出，在《劳动合同法》的框架下，用人单位的规章制度发生法律效力的主要要件包括两个方面，即：一、规章制度的制定应当经过民主程序，同时规章制度制定好之后还应当进行公示；二、规章制度条款的内容应当合法合理。
一方面，《劳动合同法》发生效力后，规章制度的内容不再是企业单方面可以决定的，因为按照该法的规定，对于涉及员工切身利益的事项，必须与工会或者职工代表协商确定。因此，为了保障规章制度的制定在形式上符合法律规定，在制定或修改规章制度时，用人单位可召开关于制定或修改规章制度的讨论会议，与工会或各部门推荐的员工代表共同讨论规章制度的内容。
同时，在规章制度在制订好之后，根据法律规定还需要向全体员工进行公示，否则该规章制度不会对全体员工产生效力。通常认为，以下几种方式是用人单位可以根据具体情况予以采纳的：
a） 将规章作为劳动合同附件，在签订劳动合同时，由员工一并签收；
b） 将规章发给员工阅读，在领取规章时签字确认；
c） 在厂区公告栏中将规章进行公告；
d） 在入职时或定期举办劳动规章培训；
e） 通过企业局域网发布等。
第二方面，即规章制度内容方面，在《劳动合同法》实施后，用人单位应特别注意，对员工手册、规章制度中一些与《劳动合同法》强制性规定不相符合的条文、规定予以修改，因为按照《劳动合同法》第三十八条第四款规定，用人单位的规章制度违反法律、法规的规定，损害劳动者权益的，员工可以解除合同。在此情况下，用人单位为保障用工稳定，防止员工以此为借口提出离职，就必须对员工手册、规章制度中的内容进行全面的调整或修改。
另外，还应该注意到，《劳动合同法》中规定，员工严重违反用人单位的规章制度，用人单位可以解除劳动合同，但是对于何为“严重”，该法案中没有明确规定，因此，用人单位在规章制度中应对哪些是属于“严重”的行为进行明确，以利于实践中的操作。