98年，我单位与一房产公司集资建房，后不知什么原因，变更为自己行为，99年，个人与房产公司签订商品房协议，并办理了商品房银行贷款，02年9月我入住。但一直到05年4月才通知办房本，且办证费用比商品房高出近一倍。为此，我们到房管局查询，才知我们的房子根本不是商品房，而是该房产公司与另外一家建材公司集资建房。大房产证及土地证都在建材公司名下，大房本是在04年才办好。我们以晚办房本为由将二公司起诉。
法院经过审判认为：该房产公司无商品房销售或预售许可证，按有关法律规定，我们之间的合同就是无效合同，其他免谈。
我不明白的是：只凭无商品房销售或预售许可证这一条就认定无效合同，不能考虑当时的法律环境及我们已入住多年，来认定是商品房吗？我该怎么做？希望有经验的人士帮帮忙，谢谢了。